یکی از آموزه‌های فروید، ضمیر ناخودآگاه است که در تعالیم قرآنی نیز ریشه دارد و به عقیده برخی، از نقاط اشتراک فروید با تعالیم اسلام است. تقسیم ذهن به خودآگاه و ناخودآگاه، فرض اساسی روان‌کاوی است و صرفا بر مبنای این فرض است که روانکاوی به فرایندهای حیات روانی انسان پی می‌برد. ضمیر ناخودآگاه قسمتى از شخصیت و باطن انسان است. ناخودآگاه منبع انرژی است که احساسات و افکار انسان را تغذیه می‌کند. آرزوها، خواسته‌ها و امیال پس‌رانده و فراموش‌شده در این بخش از شخصیت انسان انباشته می‌شود، اما پیوسته کوشش دارند که به ناحیه خودآگاه نفوذ کنند؛ یعنی خود را در افکار و رفتار ما جای دهند. تمام عقایدی که خودآگاه آن را تصویب نمی‌کند، به بخش ناخودآگاه رانده می‌شوند. دو گونه ناخودآگاه وجود دارد: ناخودآگاه نهفته که به راحتی خودآگاه می‌شود و ناخودآگاه سرکوب‌شده که به خودی خود و بدون دشواری خودآگاه نمی‌گردد. برخی محققان به وجود موضوع ضمیر ناخودآگاه در آموزه‌های دینی اشاره کرده‌اند. آنان معتقدند در آموزه‌های دینی به جنبه منفی و مثبت ضمیر ناخودآگاه اشاره شده است.